"kontiigi" - 1 õppematerjal

Koostu tegemine algusest peale: mida iga bioloog peaks teadma

kordusjärjestused, polümorfismid. Samuti teatud piirkonna andmete puudumine ja vead lugemites mõjutavad kontiigide moodustamist. Genoomide hindamine toimub enamasti skäffoldide ja kontiigide arvu alusel. Teatud piisav arv pikemaid järjestusi on vajalik genoomi esindamiseks. Samuti kasutatakse nende järjestuste absoluutset ja pikkust kogu genoomi suhtes. Koostu kvaliteeti hindamiseks on enimlevinud N50 suurus, mida määratletakse kui kontiigi vähimat pikkust, millest võrdsed või pikemad kontiigid katavad 50% kogu genoomsest järjestusest. Seega laialdasemalt kasutusel olevad meetrikud hindavad koostuid kontiigide suuruse, mitte kontiigide kvaliteedi ja täpsuse alusel, mis kajastaksid paremini koostu väärtust. Ebaõnnestunud koostute hulka kuulub esialgne mantellooma genoom. Hilisem koostu laiendas N50 väärtust kümnekordselt ja paljastas konserveerunud geene, mida varasemas koostus esindatud polnud