Koostu tegemine algusest peale: mida iga bioloog peaks teadma
lugemid vastavalt kontiigideks. Kontiig ehk piirnevaid järjestusi moodustavad komplekt ülekattuvaid
DNA segmente (lugemid), mis üheskoos moodustavad ühe DNA regiooni konsensuspiirkonna.
Kontiigide puhul ei ole teada, kummast DNA ahelast on nad rekonstrueeritud. Asukoha
määratlemiseks viiakse kontiigidega läbi protseduur, mida nimetatakse skäffoldimiseks.
Skäffoldimisetapil kasutatakse kahte tüüpi järjestusi: kontiige (liidetud lugemeid) ja lugemite paare
(mate pair). Toimub kontiigide järjestamine ning orienteerimine kasutades lugemite paarist pärit
lisainformatsiooni, mis leidub nende järjestuse mõlemas otsas (paired end). Paariliste lugemite
tegemisel fragmenteeritakse DNA ja saadakse järjestusi, mille otsi sekveneeritakse genereeritakse
lugemid. Fragmentide keskmine piirkond jääb tavaliselt sekveneerimata. Skäffold koosneb
annaabi.ee 
