"konsensuspuude" - 1 õppematerjal

Molekulaarne evolutsioon

kaugus Püsivusindeks mõõdab andmete ja puu sobivust. Ühe informatiivse positsiooni kohta: mj – minimaalne võimalik asenduste arv j-ndas positsioonis antud positsioonile kõige säästlikuma ci=mj/sj topoloogia korral sj – minimaalne võimalik asenduste arv j-ndas positsioonis antud topoloogia korral 45. Milleks kasutatakse konsensuspuid? Iseloomustage järgmisi konsensuspuude tüüpe: range, enamusreegli ja Adamsi konsensuspuu. Konsensuspuu esitab kõigi vaadedud puude ühisosa, puude vastuolu kujutab polütoomiana. Range konsensuspuu esitab klaadid, mis on kõigil vaadeldud puudel. Enamusreegli konsensuspuu esitab klaadid, mis on >50% vaadeldud puudest. Adamsi konsensus leiab kasutamist juuritud puude võrdlemisel, kui mõne taksoni asukoht on vaadeldud puudel väga erinev. Esitab alampuu, mis on kõigil vaadeldud puudel.  46