"konsensusmeetodi" - 1 õppematerjal

Molekulaarne evolutsioon

geenide liitmise teel saadud supermaatriksi põhjal. Supermaatriksi meetodid eeldavad et vaadeldavatel geenidel on identsed evolutsioonipuud, kuid võimaldavad geenidele erinevaid DNA evolutsiooni mudeleid. Kõik valimis olevad liigid ei pea olema esindatud kõigi puu konstrueerimiseks kasutavate ortoloogsete geenide järjestustega. 55. Iseloomustage konsensusmeetodit. Konstrueeritakse kõikide geenide geenipuud. Liigipuu hinnang kujuneb geenipuude põhjal. Konsensusmeetodi liigipuu hinnang = geenipuude konsensuspuu. 56. Kuidas mõjutab liigipuu konstrueerimist sügav koalestsents e liinide mittetäielik sorteerumine? Liigipuu sees on palju geenipuid. Geenipuud ei pruugi olla identsed üksteisega ega liigipuuga. Ebakõla peamiseks põhjuseks on liinide mittetäielik sorteerumine. Liinide mittetäielikku sorteerumist esineb rohkem hiljutise lahknemisega liigipuude korral. Saab nähtavamaks, kui iga liiki esindab mitu indiviidi.