Antiparalleelne kaksikheeliks. Lineaarse biheeliksi vormid: A-vorm: paremakäeline, lühike ja lai 2,3 Å, 11 bp pöörde kohta. Esineb DNA-RNA interaktsioonide korral. B-vorm: paremakäeline, pikem ja peenem 3,32 Å, 10 bp pöörde kohta. Tavaline. Olulisim omadus on võime painduda piki telge, kui DNA komplekseerub valkudega. Z-vorm: vasakukäeline, pikim ja peenim 3,8 Å, 12 bp pöörde kohta. Sellise vormi annavad lühikesed ahelad ja alternatiivsed nukleotiidid. (Kolmeaheliline struktuur). Teatud nukleotiidide järjestused põhjustavad DNA ebaharilikke sekundaarstruktuure: Painded: tekivad enam kui nelja järjestikuse A esinemisel DNA ahelas. Ristikujulised ja juuksenõelstruktuurid tekivad palindroomsete järjestuste esinemise korral (palindroomseteks nim kaheahelalise DNA järjestuselõike, kus esineb kahekordnse sümmeetriaga pöördkordused). Superspiraalid
lämmastikalused sees. Lineaarse biheeliksi vormid: A-vorm: paremakäeline, lühike ja lai –, 11 bp pöörde kohta. Esineb DNA-RNA interaktsioonide korral. B-vorm: paremakäeline, pikem ja peenem – 10 bp pöörde kohta. Tavaline. Olulisim omadus on võime painduda piki telge, kui DNA komplekseerub valkudega. Z-vorm: vasakukäeline, pikim ja peenim –12 bp pöörde kohta. Sellise vormi annavad lühikesed ahelad, kui moodustatud G ja C nukelotiididest, ja alternatiivsed nukleotiidid. Kolmeaheliline struktuur: Hoogstein paardumine on komplementaarne Toimub , kui homopürimidiinahel paikneb Watson-Crick paardunud kaksikahelalise DNA suures vaos. Sellisel juhul tekib kolmikheeliks. Selle tekke eelduseks on homopuriin-homopürimidiin paardunud kaksikheeliks, kus kolmanda ahela tümiin seondub A-T paardunud osaga või tsütosiin seondub G-C paardunud osaga Teatud nukleotiidide järjestused põhjustavad DNA ebaharilikke sekundaarstruktuure: