"kobaraiks" - 1 õppematerjal

Biosüstemaatika teooria ja meetodid

[Meenutagem, et graaf on punktide hulk, milles vähemalt osa punkte on ühendatud joontega.] Sel- leks on mitu võimalust, mida võime realiseerida ordinatsioonimeetodeid või klasteranalüüsi kasutades. Allpool vaatleme klasteranalüüsi teostamist. 7.2.1. Enim kasutatud vorm on klasteranalüüs, mille tulemuseks on haru- nev, sarnasust kujutav fenogramm. Sarnased OTUd on selles ühendatud hierar- hiliselt harunenud ühise "juurega" puu harudeks, kobaraiks, klastreiks. Klasterdamismeetodeid on rohkelt, neist levinumad on lähimnaabri meetod (simple-linkage clustering), aritmeetilisi keskmisi kasutav kaalumata paa- ride meetod (UPGMA - unweighted pair-group method using averages) ja täis- sideme-klasterdus (complete-linkage clustering). 7.2.1.1. Lähimnaabri meetodi puhul leitakse kaks OTUt, mille erinevus on minimaalne, ja ühendatakse need arvestades OTUDe distantsi teineteisest (joon. 2)