Molekulaarne evolutsioon
UPGMA eelduseks on, et puu on
ultrameetriline ehk juurest kõigi tippudeni peab harudepikkuste
summa olema sama. Eeldab, et evolutsiooni kiirus on konstantne üle
kogu puu.
31. Võrrelge minimaalse evolutsiooni (minimum evolution)
ja naabrite ühendamise (neighbour joining) meetodit.
Minimaalse evolutsiooni meetod on distantsmeetod aditiivsete
puude konstrueerimiseks. Optimummeetod, mis valib kõige lühema
puu.
Naabrite ühendamise meetod on klastermeetod, mis naabrite
tuvastamisega minimeerib puu pikkust. Naabrid on kaks OTUt mis on
juurimata dihhotoomsel puul ühendatud üheainsa sisemise sõlme
kaudu. Alustustatakse tähekujulisest puust. Kõiki OTUde paare
vaadeldakse võimalike naabritena ning naabriteks valitakse paar,
mille korral puu kogupikkus on kõige väiksem. Samamoodi leitakse
järgmised naabrid kuni puu on lahendatud ja kõik harude pikkused
teada.
32. Kuidas hindab puu harude pikkusi kaalumata paaride
annaabi.ee 
