Mahepõllunduse peamiseks erinevuseks on tööstuslikest keemiatoodetest - väetistest ja taimekaitsemürkidest hoidumine. Et siiski arvestatavat saaki saada, kasutataks viimaste asemel mitmesuguseid looduslikke aineid ja arvestatakse rohkem taime kasvu mõjutavate ökoloogiliste faktoritega. Väetistena kasutatakse mahepõllunduses orgaanilisi väetisi ja mitmesuguseid kivimijahusid. Orgaaniliste väetiste valmistamisele - komposteerimisele pööratakse väga suurt tähelepanu. Kivimijahud on erinevalt keemiliselt toodetud mineraalväetistest peaaegu lahustumatud ja aeglase toimega ega hävita seeläbi mullaelustiku tasakaalulist mitmekesisust. Kahjurite hävitamiseks kasutatakse mahepõllunduses eelkõige mitmesuguseid taimede leotisi ja pulbreid (nõges, püreeter, soolikarohi, tubakas jne.). Mitmetest neist lähtuvad ka tänapäeva tööstuslikud taimekaitsemürgid (nt. sünteetilised püretroidid). Väga soositud on kõigi