"kiirusklassilt" - 1 õppematerjal

Molekulaarne evolutsioon

2. Nukleotiidi asendus ühes nukleotiidipositsioonis ei mõjuta nukleotiidi asendust teistes nukleotiidipositsioonides. Kõrvalekalded: kompensatoorsed asendused rRNA geenides (C  G asendus). 3. Asenduse kiirus on konstantne ajas ja liinides. Kõrvalekalded: asenduste kiiruse muutumine ajas on iseloomulik valkude evolutsioonile. Covarion mudelid võimaldavad nukleotiidipositsioonidel lülituda ühelt kiirusklassilt teisele. Selle tulemusena saab evolutsiooni kiirus konkreetses nukleotiidipositsioonis liiniti erineda. 4. Järjestuste aluspaariline koostis on tasakaalus, st kõigi vaadeldavate järjestuste aluspaariline koostis on enam-vähem ühesugune. Kõrvalekalded: 16S rRNA alusel tehtud termofiilsete ja mesofiilsete bakterite puu rühmitab bakterid valesti. LogDet meetod lubab aluspaarilise koostise