Kokku registreeriti 23 liiki: ojasilm, harjus, haug, angerjas, särg, teib, turb, säinas, roosärg, lepamaim, linask, rünt, viidikas, tippviidikas, nurg, latikas, koger, trulling, hink, vingerjas, luts, ahven, võldas. Silmapaistvalt suure arvu liikidega (13) oli esindatud karpkalaliste sugukond. Üldlevinud liikideks olid särg ja ahevn, väga sagedased viidikas, tippviidikas ja turb, sagedad haug, säinas, latikas ja rünt. Trullingu ja võldase levik piirdus jõe kõige kiirevoolulisemate osadega, jõeforelli ei leitud. 1989. a. ja 1995. a. uurimistel jõevähki ei leitud. Enne vähikatku sissetungi kuulus Võhandu jõgi Eesti vähirikkamate veekogude hulka (zur Mühlen, 1900). 1897. a. ilmnes vähikatk Tamula järves, kus jõevähki püüti mujalt toodud püünistega. Sealt levis taud 1898. a. Vagula järve ja Pühajõge pidi kuni Sõmerpalu veskitammini, 1899. a. Kärgula mõisani ja 1901. aastaks Jõksi järveni, allavoolu 1899. a. kuni Räpinani
brama), koger(Carassius carassius), trulling(Barbatula barbatula), hink (Cobitis taenia), vingerjas(Misgurnus fossilis), luts(Lota lota), ahven(Perca fluviatilis), võldas(Cottus gobio). Silmapaistvalt suure arvu liikidega (13) oli esindatud karpkalaliste sugukond. Üldlevinud liikideks olid särg ja ahevn, väga sagedased viidikas, tippviidikas ja turb, sagedad haug, säinas, latikas ja rünt. Trullingu ja võldase levik piirdus jõe kõige kiirevoolulisemate osadega, jõeforelli ei leitud. 1989. a. ja 1995. a. uurimistel jõevähki ei leitud. Enne vähikatku sissetungi kuulus Võhandu jõgi Eesti vähirikkamate veekogude hulka (zur Mühlen, 1900). 1897. a. ilmnes vähikatk Tamula järves, kus jõevähki püüti mujalt toodud püünistega. Sealt levis taud 1898. a. Vagula järve ja Pühajõge pidi kuni Sõmerpalu veskitammini, 1899. a. Kärgula mõisani ja 1901. aastaks Jõksi järveni, allavoolu 1899. a. kuni Räpinani