Linuxil on samuti täis tugi XFS, JFS ja FAT failisüsteemidele, lisaks toetab Linux NTFS failisüsteemist lugemist. Windowsil teisest küljest aga on tugi ainult FAT12, FAT16, FAT32 ja NTFS failisüsteemidele. NTFS on nendest uusim ja efektiivseim. Kõikidel FAT failisüsteemidel on erinevad piirangud partitsiooni ja faili suuruse suhtes, mis põhjustavad probleeme FAT-i kasutamisel. Enamusel ülaltoodud failisüsteemidel on kettajaotuseks kaks meetodit. Iga süsteem võib olla päevikuga (journaled) või ilma (non-journaled). Esimene on turvaline valik kui arvestada süsteemi taastatavust. Kui süsteemi töö katkeb ootamatult, süsteem hangub, tuleb ilma päevikuta süsteemi taastamiseks kasutada süsteemi kontrolltööriistu, aga päevikuga süsteemis toimub taastamine automaatselt. Windows NTFS ja enamus Linuxi failisüsteemidest on päevikuga, Ext2 ei ole.
Linuxil on samuti täis tugi XFS, JFS ja FAT failisüsteemidele, lisaks toetab Linux NTFS failisüsteemist lugemist. Windowsil teisest küljest aga on tugi ainult FAT12, FAT16, FAT32 ja NTFS failisüsteemidele. NTFS on nendest uusim ja efektiivseim. Kõikidel FAT failisüsteemidel on erinevad piirangud partitsiooni ja faili suuruse suhtes, mis põhjustavad probleeme FAT-i kasutamisel. Enamusel ülaltoodud failisüsteemidel on kettajaotuseks kaks meetodit. Iga süsteem võib olla päevikuga (journaled) või ilma (non-journaled). Esimene on turvaline valik kui arvestada süsteemi taastatavust. Kui süsteemi töö katkeb ootamatult, süsteem hangub, tuleb ilma päevikuta süsteemi taastamiseks kasutada süsteemi kontrolltööriistu, aga päevikuga süsteemis toimub taastamine automaatselt. Windows NTFS ja enamus Linuxi failisüsteemidest on päevikuga, Ext2 ei ole.