Mikroobifusioloogia
seina, samas kui mutualistlikud bakterid pigem aktiveerivad stressivastuse
geene, mis aitavad taime tekitatud stressist jagu saada. Kui patogeenidel on
levinud palju sekretsiooniga seotud geene, siis mutualistlikel bakteritel on leitud
lämmastiku fikseerimisega geene ning isegi ribuloos bisfosaat
karboksülaas/oksügenaas (RubisCO) valke.
Võrreldes risosfäärsete bakteritega on endofüütide hulgas rohkem levinud
aspartaadi/maltoosi (Tar) ja dipeptiidide (Tap) kemotaksisega ja katabolismiga
seotud geene. Samas kui patogeensetel bakteritel on rohkem leivnud seriini
metabolismiga seotud geene. Lisaks on nii endofüütidel kui ka risosfäärsetel
bakteritel oluline kemotaksis ja viburitega liikumine. Endofüütidel on mitmeid
kahekomponentseid süsteeme, mis on vajalikud just taimedes elamiseks. Näiteks
aeroobne/anaeroobne hingamine, C-fikseerimine, N-fikseermine, denitrifikatsioon,
elektrontransport ja aerotaksis on reguleeritud raku redokspotentsiaaliga ning
annaabi.ee 
