Horisontaalsest geeniülekandest seeneriigis
organismide arengust alates mõlemas suunas ning võib toimuda mõnedes organismides tänapäevalgi. On
andmeid, et on toimunud HGT bakterite eellastelt seente eellastele (Brinkmann et al., 2001). Varakult pärast
Archaea ja eukarüootide divergeerumist võis aga toimuda vastupidine paljude geenide ülekanne eukarüootidelt
bakteritele (Brown et al., 1999). Hilisemast ajast on teada HGT bakteritelt seentele (eukarüoodid). Näiteks
pärineb seene Orpinomyces joyonii tselluloosi lagundamisel tähtsat rolli omav geen (celA) bakterilt
Fibrobacter succinogenes. See võimaldab seenel elada uues toitekeskkonnas, herbivoorsete imetajate vatsas
(Garcia-Vallve et al., 2000).
HGT prokarüootidelt eukarüootidele avastati 1990 aastal, kui võrreldi isopenitsilliin-N süntetaasi
(IPNS) geenide ja 5S rRNA geenide vastavaid evolutsioonilisi distantse. Analüüsid näitasid veenvalt, et IPNS