ggacggtgttttatttgatacagaaacaaaaaaaacaactgcttgtagtagaagacagccaaaaaggc attgctgccgctaaagcagctatcaaaaactgttgacaatctgacaaataatcctagcgcgtgaagatg tttctagaggcaaaccttatccagatatttataataaagcagtacaaaaactaggatagtttttgccattac cgactaccgatatggcattgatcagagtcaagctgatcacaagatagatcatttaggacaactgtgtgt aaaaatcggttgttttggatcgtga Vastus : Peadiagonaal puudub. Tegemist on keerulisema mutatsiooniga, transpositsiooniga. 3. Leida, milline joondamiste paar on sarnasem. Kuidas diferentseerida tühiku trahvi. Kokkulangevus = +1, mittekokkulangevus = -1. 1.AGATAGAAACTGATATATA 2.AGATAGAAACTGATATATA AGA-A-A-ACAGAG-T--- AGA--GA-AGTGAG-T--- Oletame, et 1 tühiku trahv on -1 ja tühikute seeria pikkuse trahv on -2 Siis: (kokkulangevus) (mittekokkulangevus) (tühik) (seeria pikkus) S1= 10 *1 + 2* (-1) + 7*(-1) + 5*(-2) = -9
Viirused hypothetical protein [Ostreococcus virus OsV5] Score = 32.7 bits (73), Expect = 5.8, Identities = 16/46 (34%) 2. BLAST programmi kasutamine valgumotiivide otsimisel. a. Valida sobiv programm sarnasuste leidmiseks motiivile VEHINKTIAPALVSK ning valida otsimiseks andmebaas, mis sisaldab kõik GenBank CDS translatsioone + PDB + SwissProt + PIR + PRF. Sooritada otsing standardparameetritega, joondamiste arv 500. Database: All non-redundant GenBank CDS translations+PDB+SwissProt+PIR+PRF excluding environmental samples from WGS projects Posted date: Mar 25, 2008 5:58 PM Number of letters in database: -2,129,407,321 Number of sequences in database: 6,344,481 Lambda K H 0.343 0.282 1.59 Gapped Lambda K H 0.294 0.110 0.610 Matrix: PAM30 Gap Penalties: Existence: 9, Extension: 1 Number of Sequences: 6344481 Number of Hits to DB: 12186341
annaabi.ee 
