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Den Start beim auf die US Open folgenden Masters-Turnier von Shanghai sagte Federer auf Grund kleinerer Verletzungen ab. Dadurch konnte er die Weltranglistenpunkte für seine Teilnahme am Vorjahresfinale nicht verteidigen und fiel in der Weltrangliste hinter Andy Murray auf Rang vier zurück. Den zweiten Turniererfolg des Jahres konnte Federer dann bei den Swiss Indoors in seiner Heimatstadt Basel feiern; dort besiegte er im Finale den Japaner Kei Nishikori, der zuvor im Turnierverlauf den Weltranglistenersten Novak okovi bezwungen hatte. Eine Woche darauf siegte Federer mit einem Endspielsieg über Jo-Wilfried Tsonga auch erstmals in seiner Karriere beim Mastersturnier in Paris- Bercy. Bei den ATP World Tour Finals 2011 zog Federer ohne Matchverlust in der Gruppenphase, in der er unter anderem Rafael Nadal schlagen konnte, in sein insgesamt 100. Karrierefinale im Einzel ein. Durch das Erreichen des Endspiels gelang es Federer