Direktiivil on 5 lisa: I lisa: Liigid, mida peetakse ohustatuks EL territooriumil. Kuuluvad täieliku kaitse alla. 1997. a. oli 181 linnuliiki, neist Eestis elab 69 liiki ja püsivalt pesitsevad 57. Kõikide I lisa liikide osas on kauplemiskeeld. II lisasse kuuluvad liigid, millele tohib jahti pidada kogu EL territooriumil või teatud liikmesriikides; III lisasse kuuluvad liigid, millega võib kaubelda kogu EL territooriumil või teatud liikmesriikides; IV lisa sisaldab keelatud jahipidamismeetodeid: linnupaelad, linnuliim, konksud, kunstlikud valgusallikad, peeglid, lõhkeained, võrgud, püünised, mürgitatud või uimastav sööt, poolautomaatsed või automaatrelvad, õhusõidukid, mootorsõidukid jne. V lisa sisaldab uurimist vajavaid teemasid: 1. Siseriiklikud nimekirjad väljasuremisohus olevatest või eriti ohustatud liikidest, arvestades nende geograafilist levikut. 2. Rändliikidele nende rändeteel ning talvitus- ja pesitsuspaikadena eriti tähtsate alade loetelu
Võib hakata kahjustama oma pesitsusbiotoobi floorat ja kooslust. Kõikide I lisa liikide osas on kauplemiskeeld. Direktiiv näeb ette linnuhoiualade moodustamise direktiivi I lisas toodud liikide ning rändlindude elupaikade kaitseks. II lisasse kuuluvad liigid, millele tohib jahti pidada kogu EL territooriumil või teatud liikmesriikides; III lisasse kuuluvad liigid, millega võib kaubelda kogu EL territooriumil või teatud liikmesriikides; IV lisa sisaldab keelatud jahipidamismeetodeid: linnupaelad, linnuliim, konksud, peibutisena kasutatavad silmitud või vigastatud eluslinnud, magnetofonid, elektrivooluga surmamise vahendid. kunstlikud valgusallikad, peeglid, sihtmärki valgustavad vahendid, öise jahipidamise sihtimisvahendid, mis sisaldavad elektroonilist kujutise suurendajat või muundajat. lõhkeained võrgud, püünised, mürgitatud või uimastav sööt