Maximum likelihood ehk suurima tõepära meetodi kasutamine fülogeneesipuude tegemisel
võimalik konstrueerida, siis on see meetod ka ülimalt aeglane. Erinevate kujudega puude arv
kasvab eksponentsiaalselt taksonite arvu kasvades. Arvutusteks kulunud aeg on võrdne 4nda
astmega käsitletavate taksonite arvust. Seetõttu on antud meetod kasutatav vaid suhteliselt
lühikeste järjestuste korral.
ML on hea meetod fülogeneetilise puu rekonstrueerimiseks, kuna see suudab kasutada puu
väljatöötamiseks kogu iseloomilikku informatsiooni, mis meil algandmetena teada on.
Plussiks on ka asjaolu, et see rekonstrueerib puul eellaste sõlmpunktid. Statistiliselt on ML
kõige võimsam meetod, kuna genereerib tõenäosushinnangud igale harule. Kuid tänu sellele
on ML ka ülimalt aeglane, mis on antud meetodi suurimaks miinuseks. Lisaks ei pruugi alati
õiged olla aluspaaride sageduste muutustesse puutuvad eeldused. Kolmandaks ei saa selle
annaabi.ee 
