toitainena vees sisalduvat orgaanilist ainet. Osa toitaineist muutub uueks rakumassiks ja osa hapendub raku hingamise protsessis süsihappegaasiks ja veeks. Tähtsamateks mikroorganismideks on bakterid ja algloomad, keda kasutatakse puhastusprotsessides üheaegselt. Bioloogilise puhastuse etapis laguneb orgaaniline aine bioloogiliste protsesside käigus ning reovees sisalduv lämmastik ja fosfor seotakse aktiivmuda baktermassi. Protsessi intesiivistamiseks on vaja vette lisada piisavas koguses hapnikku ehk vett aereerida. Orgaanilise aine lagunemine toimub aktiivmuda koostises olevate bakterite elutegevuse tulemusena. Sarnane protsess toimub ka looduslikes veekogudes, kuid biopuhastis estinevad mikroorganismid kontsentreeritumalt. Looduslikud veekogud Eesti veekogud on mõjutatud elukondlikust, toiduaine- ja kergetööstusest ning põllumajandusest pärinevast hajureostusest tulevatest toitainetest