Genoomi struktuur ja funktsioon
Toimub kolme sammuliselt:
1. Ristsidumine – formaldehüüdi lisamisel üksteisele lähedal asuvad
kromatiini segmendid ristseotakse. DNA segmendid ristseotakse
valkudega ja valgud ristseotakse üksteisega.
2. Kromatiin fragmenteeritakse ja ligeeritakse
3. DNA puhastatakse ja analüüsitakse (qPCR, sekveneerimine)
3C: one by one analüüs – kasutab 3C lookus-spetsiifilisi praimereid. Tulemus
nt interaktsiooniprofiil valitud geenist näitab promootori ja ümbritseva
kromatiini interaktsiooni.
4C: tsirkulariseeritud 3C, one by all analüüs – üle genoomne
interaktsiooniprofiil üksikule lookusele.
5C: many by many analüüs – analüüsib interaktsioone kahe suurema lookuste
kogumi vahel, nt promootorite kogumi ja distaalsete regulatoorsete
elementide kogumi vahel. Ehk võimaldab analüüsida interaktsioone mitme
valitud lookuse vahel.
Hi-C – all by all analüüs
annaabi.ee 
