Kaks suurt klassi: Mõned kodeerivad valke viies DNA osa uuele kohale kromosoomis või siis replitseerub see DNA osa ja integreeritakse uude kohta. Retrotransposoonid kodeerivad pöördtranskriptaasi, mis teeb RNA tarnskriptist uue DNA ja siis need integreeruvad genoomi (ainult eukarüoodil). Prokarüootidel: 1. Insertsiooni elemendid (IS). Lihtsaimad transponeeeruvad elemendid bakterite kromosoomides ja plasmiidides. Kodeerivad mobiliseerimise ja inserteerumise eest vastutavaid geene. Kõik IS elemendid on inverteeritud terminaalsete kordustega(ITRs). Lõhub kodeeriva järjestuse või regulatoorseid järjestusi. Muudab kõrvalolevate geenide ekspressiooni. Põhjustab kõrvalasuva DNA deletsiooni ja inversioone. Toimub uus ristsiire. Originaalkoopia jääb paigale, uus inserteerub juhuslikult. IS elemendid kasutavad ära peremeesraku replikatsiooniensüüme replikatsiooni. Transponeerumine nõuab
toitaineteks. Teised bakterid saavad signaalidest aru, kuid ise ei kuluta energiat ekstratsellulaarsete ensüümid ekspressiooniks, vaid kasutavad ainult vabanenud toitaineid. Need bakterid on nn petjad. Bakterid, mis ekspresseerivad ekstratsellulaarseid ensüüme ekspresseerivad ka toksiine, mis tapavad petjaid. 5. DNA mutatsioonide ärahoidmine. Mutatsioonide kuhjumine võib viia kohasuse vähenemiseni, lisaks kaitseb bakter ennast faagide, transposoonide jms inserteerumise eest kromosoomi, mis võib populatsioonile pikas perspektiivis olla kahjulik. 11.1. Toksiin-antitoksiin süsteemid Termin toksiin-antitoksiin kirjeldab geenipaari, millest üks kodeerib stabiilset toksiini, teine ebastabiilset antitoksiini. Toksiin on bakterile letaalse toimega, samas kui antitoksiin inhibeerib toksiini toime. Algselt leiti neid süsteeme kromosoomivälistelt DNA-elementidelt, nagu madala koopiaarvuga