Mikroobifusioloogia
kasutama metaani kui ainukest süsiniku- ja energiaallikat ning arvatakse, et selle
pärast on perekond Methylobacterium risosfääris domineeriv.
G(+) bakterite hulgas on kõige enam kirjeldatud hõimkonda Actinobacteria
(20%), millest tuntuim on Streptomyces antibiootikumide tootmisvõime poolest.
Firimicutes'te klass Bacilli (15%) on samuti endofüütide hulgas väga sagedasti
kirjeldatud. Bacillus thuringiensis on tuntud kui kristalliliste valkude tootja, mis on
insektsiidse tähtsusega.
Endofüüdid võivad taimedes olla kas obligatoorsed ehk teisisõnu
mikroorganismid, mis vajavad taimedes elamist teatud elutsükliks. Sellised
endofüüdid pole võimelised ilma taimedeta elama. Obligatoorseid endofüüte on
väga palju kirjeldatud seente hulgas. Teiseks äärmuseks on oportunistlikud
endofüüdid, mis ei vaja taime kudedes elamist, kuid siiski võivad sattuda
taimedesse. Sellisteks bakteriteks on perekonna Pseudomonas ja Azospirillium
annaabi.ee 
