Horisontaalsest geeniülekandest seeneriigis
erinevate hüüfide liitumisekoha lähedusest. Ka külmaseene looduslikes populatsioonides esineb mtGenoomis
rekombinatsioone, nii et seente mitokondritele pole omane üksnes klonaalne paljunemine (Saville et al., 1998).
Siiski, seentel pole HGT leitud üksnes erinevate liikide või sama liigi erinevate isendite mtDNA vahel,
vaid ka tuumageenide vahel. Tuumageenide HGT on leitud nii seeneperekondade vahel kui ühe perekonna
liikide vahel. Liigi Protomyces inouyei 18S rRNA geeni I grupi intronid A ja B (mis sisaldavad tugevalt
konserveerunud nukleotiidse järjestusega elemente) asetsevad nii, et A on samas positsioonis nagu liigil
Pneumocystis carinii ja B nii nagu liigil Ustilago maydis (Nishida, et al.,1993). Uurides mitmete
taimeparasiitsete seente lähedasi perekondi (Sclerotiniaceae) tuuma ribosomaalse DNA (SSU ja LSU rDNA)
järjestuste alusel leiti, et I grupi intronite osas on toimunud HGT (Holst-Jensen et al., 1999). Samale järeldusel