Koostu tegemine algusest peale: mida iga bioloog peaks teadma
universaalset, kõikidele genoomidele sobivat lähenemisviisi, ei ole veel leitud. Sellise programmi
rakendamisel on kasutajatel vähe kontrolli skäffoldimisprotsessi üle ja informatsiooni tootmise
suunamist ei saa kontrollida. Eraldiseisvad skäffolderid on paindlikumad ja võimaldavad kontrollida
skäffoldimisparameetrite rakendamist.
Esimene täielikult lõpetatud elusorganismi genoom kuulub Haemophilus influenzaele, kelle genoomi
suuruseks on 1,89 Mb. Shotgun genoomi projekt hõlmab endas mitut järku: DNA murdmine
juhuslikest punktidest, saadud järjestuste sekveneerimine ja assambleerimisprogrammidega esialgse
molekuli taastamine kasutades selleks eelnevalt sekveneeritud fragmentide liitmist. Skäffoldimist
peetakse vajalikuks etapiks kogu genoomi shotgun projekti jaoks, kuna võimaldab kõrgkvaliteedilise
mustandgenoomi järjestuse loomist, millelelt edasiselt on võimalik andmete edasine analüüs ja
annaabi.ee 
