Horisontaalsest geeniülekandest seeneriigis
leitud. Selle introni järjestus sarnaneb rohkem seente kui sammaltaime, helviku Marchantia või rohevetika
Prototheca mitokondri vastavale geenijärjestusele. Arvatakse, et coxI introni doonoriks võis olla mingi
sümbiontne mükoriisaseen (Voughn, et al., 1995).
On leitud HGT ka seente endi vahel. Esmakordne otsene tõend HGT esinemisest mittesugulaslike
seente genoomide vahel saadi kahe kottsenne Ascobolus immersus ja Podospora anserina hüüfide
kontakteerumisel. Pärast seda leiti esimese liigi lineaarne plasmiid teise liigi mtGenoomi koosseisust (Kemken,
1995). Ka siin on tegu tsütoplasmaatilise pärilikkuse muutumisega. Plasmiidi insertsioon mtDNA-sse võib
toimuda samal viisil kui bakteri DNA-sse (viimast kasutatakse geenitehnoloogias).
Mitmetes katsetes on saadud rekombinantseid mitokondreid (külmaseen, austerservik) sama seeneliigi
erinevate hüüfide liitumisekoha lähedusest