Elu patendeerimisest
putukatele ohtlikku mürki. Samas on BT- mais, raps, puuvill ja soja ohtlikud ka näiteks
ohustatud liblikaliikidele ning seega ohtlikud loodusliku mitmekesisuse säilimise aspektist.
Teine suur grupp GMO taimi on vastupidavad herbitsiididele (nagu Roundup) ning vaatamata
suurele saagikusele on oht herbitsiidresistentsuse kontrolli alt väljumisele. Seega võivad
põllumehed seista silmitsi probleemiga, kus on tekkinud nn super umbrohud, mida
herbitsiidega hävitada ei saa ning vaja on uut, palju erinevamat ja tõhusamat meetodid nende
kontrolli all hoidmiseks. Seega on juba praegu kasutuses olevatel GMO põllutaimedel
erinevad ohud loodusele. Samuti ei saa kõrvale jätta asjaolu, et neid on kasutatud toidu ja
söödana vaid vähest aega ning ei ole kindlad nende mõjud inimorganismile. Praegune
arvamus ökoloogilise ohu kohta ehk et mõni geen nn rändama võiks minna ja seeläbi
kahjulikult mõjuda, on hinnatud minimaalseks.