Taime geneetika
Samuti võivad toimuda olulised muutused taimede
ja putukate esinemissageduses kohalikus ökosüsteemis.
Kui tava- ja mahepõllunduses piserdatakse Bt toksiini taimedele vaid vajadusel, siis
geneetiliselt muundatud Bt kultuurid toodavad kahjurimürki pidevalt. Kuna putukad on
kogu aeg selle toksiini mõjualas, tingib see palju suurema tõenäosuse resistentsuse
tekkeks. Nii devalveeritakse loomulikke bioloogilisi võimalusi kahjurite kontrolliks.
Umbrohi võib muutuda herbitsidiiresistentseks lihtsalt pikema intensiivse kasutuse tõttu
mingis piirkonnas, sest see toob kaasa umbrohu koosseisu muutumise: ellu jäävad
taimed, mis taluvad mürki kõige paremini. Kuna Roundup on maailma kasutatavaim
taimekaitsevahend ja enamik GM-kultuure on just Roundup'i suhtes resistentseks
muudetud, pritsitaksegi järjest suuremaid pindu ühe ja sama mürgiga.
Umbrohumürki taluv geen võib aga levida GMO-lt umbrohule ka tavalise risttolmlemise