"harudepikkuste" - 1 õppematerjal

Molekulaarne evolutsioon

hüpoteese/puid. Kuid on arvutuslikult väga kallid ning optimaalse puu leidmiseks pole teada tõhusaid algoritme. Suurema arvu järjestuste korral pole parima puu leidmine garanteeritud. 30. Iseloomustage kaalumata paaride meetodit aritmeetilise keskmisega (UPGMA). UPGMA meetod on distantsmeetod, mis kasutab klasterdamisalgoritmi. UPGMA eelduseks on, et puu on ultrameetriline ehk juurest kõigi tippudeni peab harudepikkuste summa olema sama. Eeldab, et evolutsiooni kiirus on konstantne üle kogu puu. 31. Võrrelge minimaalse evolutsiooni (minimum evolution) ja naabrite ühendamise (neighbour joining) meetodit. Minimaalse evolutsiooni meetod on distantsmeetod aditiivsete puude konstrueerimiseks. Optimummeetod, mis valib kõige lühema puu. Naabrite ühendamise meetod on klastermeetod, mis naabrite tuvastamisega minimeerib puu pikkust. Naabrid on kaks OTUt mis on