arengu, mis on suuresti muutnud meie arusaamist bakterikooslustest ja mikroobide mitmekesisustest looduses. Mitmekesisus: feneetiline ssteem, numbriline taksonoomia- bakterite liikideks rhmitamine phineb morfoloogilistel ja biokeemilistel tunnustel Molekulaarsetest markeritest kasutatakse mikroobide mitmekesisuse uurimisel kige rohkem ribosomaalse operoni geene (16S rDNA, 5S rDNA), samuti ribosomaalsete geenide vahelist intergeenset piirkonda, samuti kasutatakse DNA graasi B alahiku GyrB , .70 RNA polmeraasi faktori, elongatsioonifaktori geeni EF-Tu ja ATPaasi b alahiku jrjestusi. Molekulaarsetest markeritest saadud informatsiooni phjal jaotatakse elusorganismid kolme domeeni: eubakterid, arhed ja euakroodid. Bakterite flogeneetiline puu koosneb vhemalt 18 alamjaotusest ehk himkonnast (uues Bergey mrajas on 23 himkonda), arhede puu kolmest himkonnast. Bakterite puhul on kokku leitud 56 suuremat alamjaotust, nendest 26 on kultiveeritavate esindajatega.
lisavad või kõrvaldavad ühe ataki käigus ATP energiat kasutades 2 superspiraali. Nad jäävad DNA otstega kovalentselt seotuks ning hiljem taastavad fosfodiestersidemed. Kõige paremini on uuritud E. coli ensüümi DNA güraas, mis on tetrameerne valk (koosneb kahest subühikust 64 GyrA ja GyrB). DNA güraasi on vaja E. coli DNA replikatsioonil. Kromosomaalne DNA on negatiivselt superspiraliseeritud. Negatiivseid superspiraale toob DNA molekuli DNA güraas. Negatiivne superspiralisatsioon soodustab liikuva replikatsioonikahvli ees olles DNA ahelate lahtikeerdumist. Kui güraas on inhibeeritud näiteks nalidiksiinhappe või koumermütsiini poolt, bakterites DNA replikatsiooni ei toimu. Veereva ratta replikatsioonimudel
2) Topoisomeraas II tüüpi ensüümid viivad DNA molekuli ajutiselt kaksikahelalise katke ja lisavad või kõrvaldavad ühe ataki käigus ATP energiat kasutades 2 superspiraali. Nad jäävad DNA otstega kovalentselt seotuks ning hiljem taastavad fosfodiestersidemed. Kõige paremini on uuritud E. coli ensüümi DNA güraas, mis on tetrameerne valk (koosneb kahest subühikust GyrA ja GyrB). DNA güraasi on vaja E. coli DNA replikatsioonil. Kromosomaalne DNA on negatiivselt superspiraliseeritud. Negatiivseid superspiraale toob DNA molekuli DNA güraas. Negatiivne superspiralisatsioon soodustab liikuva replikatsioonikahvli ees olles DNA ahelate lahtikeerdumist. Kui güraas on inhibeeritud näiteks nalidiksiinhappe või koumermütsiini poolt, bakterites DNA replikatsiooni ei toimu. Veereva ratta replikatsioonimudel
Nendest on E. coli's kõige olulisemad Crp ja Fis. Näiteks Fis reguleerib otseselt või kaudselt E. coli's 5% geenide transkriptsiooni. Mõlema valgu enda geeni transkriptsioon sõltub negatiivsest superspiralisatsioonist positiivselt. Samas, Crp ja Fis represseerivad fis-i transkriptsiooni. Mõlemad valgud reguleerivad DNA topoisomeraaside ekspressiooni. Fis valmistab ette DNA globaalse superspiralisatsiooni vähenemist, Crp takistab seda. Fis represseerib güraasi geenide gyrA ja gyrB transkriptsiooni, samas Crp aktiveerib gyrA transkriptsiooni, samas Fis aktiveerib topoisomeraas I geeni topA transkriptsiooni. Lisaks reguleerivad Crp ja Fis histoonilaadsete valkude geenide transkriptsiooni. Näiteks, Fis aktiveerib IHF, H-NS ja HU geenide transkriptsiooni, mis on olulised just statsionaarses faasis nukleoidi moodustumiseks ning HU ja H-NS vähendavad ka lokaalset negatiivset superspiralisatsiooni. 9.3. Alarmoonid globaalse regulatsiooni 3. aste
annaabi.ee 
