"genbanki" - 1 õppematerjal

BIOinformaatika kodutöö 5

Arch. Biochem. Biophys. 78 (1958) 477-493. 2. SMS 2 (Sequence Manipulation Suite, http://bioinformatics.org/sms2/) kasutamine (vähemalt 10 manipulatsiooni): a. Salvestada leitud E.coli ja H.sapiensi geenide ja valkude järjestused arvutisse FASTA formaadis failidena. b. Failiformaatide konverteerimine (FASTA formaadis nukleotiidsete ja aminohappeliste järjestuste väljasõelumine GenBanki jt formaadist, aminohapete järjestuse muutmine 1- tähelistest koodidest 3-tähelisteks ja vastupidi, valkude ja DNA järjestuste filtreerimine, järjestuse teatud piirkondade väljavõtmine). c. Koodonite kasutussageduse uurimine, mustrite otsimine järjestuses, nukleotiidide ja aminohapete sisaldused järjestustes, ORF-de leidmine, PCR produktide otsimine, valgu