I kategooria seeneliigid krookustorik - Hapalopilus croceus Võrkheinik - Rhodotus palmatus limatünnik - Sarcosoma globosum II kategooria seeneliigid II kategooriasse kuuluvad väga piiratud alal või vähestes elupaikades esinevad liigid, kelle arvukus langeb ning levila aheneb. II kategooria liigid võtab kaitse alla Vabariigi Valitsus määrusega II kategooria seeneliigid lepa-kärbseseen Amanita friabilis punajalg-kivipuravik - Boletus erythropus Fechtneri kivipuravik - Boletus fechtneri II kategooria seeneliigid kollane kivipuravik - Boletus suspectus säärissirmik - Chamaemyces fracidus Bloxami punalehik - Entoloma bloxamii II kategooria seeneliigid roosa riisikas - Lactarius controversus mugultorik - Polyporus tuberaster kellukmürkel - Morchella semilibera; II kategooria seeneliigid
ka seente liigirikkust. Enamik kaitsealuseid seeneliike on huvilistele tundmatud ja oma tagasihoidliku välimuse tõttu ka vähe märgatavad. Eestis on kaitse all 46 seeneliiki: I kategoorias 9, II kategoorias 27 ja III kategoorias 10. 2004. aasta looduskaitseseaduse alusel on võetud kaitse alla 17 varem kaitseta liiki: I kategooria: II kategooria: poropoorik Amylocystis lapponica lepa-kärbseseen Amanita friabilis lõhe-lehtervahelik Leucopaxillus soo-maamuna Bovista paludosa salmonifolius lilla kukeseen Cantharellus melanoxeros roosakas tammenääts Pachykytospora tuberculosa Bloxami punalehik Entoloma bloxamii võrkheinik Rhodotus palmatus purpur-maakeel Geoglossum atropurpureum
Kärbseseened on suvel ja sügisel metsades ja puisniitudel kasvavad mükoriisaseened Eesti on seni leitud 18 liiki, mis jaotatakse kolme alamperekonda (Niitla 2004). Tabel 1. Kärbseseente liikide esinemine Eestis ja Austraalias. x tähistab liigi esinemist, selle mitteesinemist Eesti Austraalia Amanita vaginata x - Amanita Battarrae x - Amanita Crocea x - Amanita friabilis x - Amanita Olivaceogrisea x - Amanita lividopallescens x - Amanita muscaria x x Amanita regalis x - Amanita gemmata x - Amanita pantherina x - Amanita eliae x - Amanita phalloides x - Amanita virosa x x Amanita strabiliformis x -