Mikroobifusioloogia
aspartaadi/maltoosi (Tar) ja dipeptiidide (Tap) kemotaksisega ja katabolismiga
seotud geene. Samas kui patogeensetel bakteritel on rohkem leivnud seriini
metabolismiga seotud geene. Lisaks on nii endofüütidel kui ka risosfäärsetel
bakteritel oluline kemotaksis ja viburitega liikumine. Endofüütidel on mitmeid
kahekomponentseid süsteeme, mis on vajalikud just taimedes elamiseks. Näiteks
aeroobne/anaeroobne hingamine, C-fikseerimine, N-fikseermine, denitrifikatsioon,
elektrontransport ja aerotaksis on reguleeritud raku redokspotentsiaaliga ning
nende funktrioonide reguleerimine aitab bakteril elada taimes. Endofüüdid
tunnetavad redoksvastust regBA ja lämmastiku fikseerimisvajadust ntrYX.
Endofüütidele on iseloomulik lämmastiku, süsiniku assimilatsiooni ning
vitamiinide sünteesi regulaatorgeenide sage esinemine genoomis: N-
assimileerimine nifA, lämmastikoksiidi redutseerimine norR, -laktamaaside
annaabi.ee 
