Hõlpsaks orienteerumi- seks on sobivaim hierarhiliste tasemete arv nii umbes 8... Põhiühikuiks loetakse praegu (hierarhilises reas) perekond, sugukond, selts, klass, hõimkond ja riik. Monograafiliste uurimustes eristatakse neil alljaotusi (sektsioon, alamperekond, triibus, alamsugukond, ülemsugukond (zooloogias), alamklass...). Linné järgi olid liik ja perekond jumala loodud, kõrgemad ühikud aga inimese mõttetegevuse produkt. Tänapäeval leidub mõningaid süs- temaatikuid (feneetilise kooli esindajad), kes peavad perekonda reaalselt eksisteerivaks; selle aluseks on küllaltki häguse ja liigagi üldise mõiste reaalsus lai tõlgitsus. Kuna evolutsioon toimub tänapäevaste teadmiste järgi ainult liikide, mitte aga kõrgemate süstemaatika ühikute muutumise teel, ei saa ka perekonda (nagu sugukondagi jne.) pidada muuks kui ühise fülogeneesiga, s.t. monofüleetiliseks liikide ajalooliselt kujunenud rühmi- tuseks
alahiku jrjestusi. Molekulaarsetest markeritest saadud informatsiooni phjal jaotatakse elusorganismid kolme domeeni: eubakterid, arhed ja euakroodid. Bakterite flogeneetiline puu koosneb vhemalt 18 alamjaotusest ehk himkonnast (uues Bergey mrajas on 23 himkonda), arhede puu kolmest himkonnast. Bakterite puhul on kokku leitud 56 suuremat alamjaotust, nendest 26 on kultiveeritavate esindajatega. Puudub korrelatsioon flogeneetiliste rhmade ja fenotbiliste tunnuste (feneetilise ssteemi) vahel. Mikroobikoosluste uurimisel rakendatavad molekulaarsed meetodid vib laias laastus jagada kaheks: osaliseks ja tielikuks koosluse DNA analsiks (partial and whole community DNA analysis). Osalise analsi puhul keskendutakse vaid osale genoomist, markergeenidele, mis amplifitseeritakse PCR-i meetodi abil. Tieliku koosluse analsi puhul ptakse uurida kogu informatsiooni, mida eraldatud DNA sisaldab. Probleemid molekulaarsete meetodite
annaabi.ee 
