Maailma kuulsaimad bioloogid läbi aegade
esimees. Ta uuris kalade, kahepaiksete, roomajate, imetajate ning eriti põhjalikult
kana embrüonaalset arengut. Baer kirjeldas blastulat, seljakeelikut ning lootekestade,
idulehtede ja mitme elundi arengut.
1826 aastal avastas Baer imetajate( ka inimese) munaraku. Tõestas, et loomade
looteil avalduvad kõigepealt hõimkonna, seejärel klassi, seltsi, sugukonna,
perekonna, liigi ning kõige lõpuks isendi tunnused.
1828 aastal avaldas ta oma tähtsaima teose: ,,Über Entwicklungsgeschicte der
Tiere).
6
Peterburis elades töötas Baer geograafia, antropoloogia, etnograafia ja ihtüoloogia
alal. Ta rajas ökoloogilise uurimistöö Venemaal ning algatas ka liivlaste uurimise. Ta
juhtis paljusid uurimisreise Lapimaale, Peipsi ja Pihkva järvele jm. 1856 avastas ta
jõgede kallaste uhtumise seaduspärasuse( Baeri seadus) .
Baer on ulatuslikult käsitlenud ka bioloogia filosoofilisi probleeme