Faagiteraapia
antibiootikumi suhtes, siis jäävad tekkinud resistentsuse geenid püsima bakterirakku ning neid
geene võidakse edasi anda ka teistele nii sama kui võõra liigi bakteritele. Faagid on aga „elusad“
organismid, mis on võimelised evolutsioneeruma. Kui mõnes bakteris tekib resistentsus mõne
kindla faagi suhtes, siis võivad toimuda selles faagis mutatsioonid, mis võimaldavad ületada
tekkinud resistentsuse barjääre. Näiteks kui tekivad mutatsioonid bakterite endonukleaasides,
mille tõttu lagundatakse bakterisse sattunud faagi DNA, siis võivad faagis vastukaaluks tekkida
mutatsioonid DNA-s, mille tõttu ei ole enam bakterite endonukleaasid võimelised degradeerima
faagi DNA-d (Carlton, 1999).
Uute faagisüsteemide arendamine on palju odavam kui uute antibiootikumide välja töötamine
ning erinevalt antibiootikumidest, ei mõjuta faagid ning nende produktid eukarüootseid rakke.