millest on dissotseerunud sigma faktor. Sünteesitav RNA ahel eemaldub DNA ahelast, aga vahetult transkriptsiooni piirkonnas on DNA ja RNA kuni kolme nukleotiidi ulatuses paardunud. Eukarüoodis RNA polümeraas on vabanenud basaalsetest transkriptsioonifaktoritest ning järgneb elongatsioon sarnaselt prokarüoodi rakus toimuvale, kuid varases elongatsioonifaasis lisatakse 5' otsale 7-metüülguanosiin ,,müts", mille ülesandeks on olla äratundmispiirkonnaks translatsiooni initsiatsioonis osalevatele valkudele, aga ka kaitse molekuli degradatsiooni eest. · Terminatsioon Prokarüoodis - RNA ahela süntees lõpeb siis, kui RNA polümeraas kohtab terminatsioonisignaali. Seejärel transkriptsioonikompleks dissotseerub.
Mõnikord reguleeritakse transkriptsiooni nii, et RNAP ei lasta üle minna elongatsiooni faasi, kuigi polümeraas on paika pannud esimesed nukleotiidid. Seda nimetatakse ka abortiivseks transkriptsiooniks. Transkriptsiooni on võimalik reguleerida ka libiseva sünteesiga, kui initsiatisiooninukleotiidi järel on mitu T-nukleotiidi nagu nt ATTTTTTG, siis RNAP võib transkribeerida kuni 15 nukleotiidi pikkusi RNA järjestusi, mis koosneb ainult U-dest. Transkriptsiooni elongatsioonifaasis moodustub väga stabiilne DNA-RNAP- RNA kompleks, mida nimetatakse ka kolmikkompleksiks. Sigma faktori vabanemise järel võtab RNAP konformatsiooni, mis stabiliseerib transkriptsiooni. RNAP transkribeerib väga efektiivselt RNA-d, sünteesides 1000 nukleotiidi sekundis. RNA sünteesi ajal on DNA 17 nukleotiidi ulatuses alati lahti harutatud üheahelaliseks DNA-ks. Sellest johtuvalt on RNAP ees positiivne superspiralisatsioon, mida güraas leevendab. RNAP taga on negatiivne