Kalakotkas
juhul mänd, 3 juhul kuusk ja ühel juhul kask. Neli pesapuud on kuivanud, kuid kalakotkas
kasutab neid meelsasti edasi. Darwini Rahvuspargis asusid 59% pesadest (43) kuivanud
mändidel ( et al. 2002).
Pesa ehitab kalakotkas ise, ehkki kotkale on mitmetes riikides appi tulnud ka inimene. Eestis
on 14 inimese poolt ehitatud tehispesa, mida kotkad on asustanud ja mis on rajatud lagunenud
kotkapesa asemele. Eestis oli 2002. aastal ka uks paar, kes kasutas pesitsemiseks
valgetoonekure
pesa elektripostil (Männik & Sein 2004). Sobivas kohas asuvat (tehis)pesa
asustavad kotkad häirimatuse korral meelsasti aastakümneid. 35 pikemat aega teada olevas
pesas on keskmiselt pesitsetud 8 aastat.
Pesa kaugus jahialast. Põhja-Ameerikas jääb 80% kalakotkapesade kaugus avaveest kõigest
500 m kaugusele (Ewins 1997). Euroopas asuvate populatsioonide pesad on ehitatud jahialast
margatavalt kaugemale, näiteks Eestis on erinevatel juhtudel vastavaks vahemaaks 0,3-21,5
km (mediaan 5,1 km; Lõhmus 2001a)