Maximum likelihood ehk suurima tõepära meetodi kasutamine fülogeneesipuude tegemisel
Järgnevalt tuleb leida kõigi puude puhul väärtused, mis näitavad, kui tõenäoline on sellise puu
evolutsioneerumine. Teeme lihtsustuse ja vaatleme DNA ahelas ainult ühte saiti n. Valime
kõigi puude seast välja ühe ning leiame selle puhul tõepärasuse väärtuse. Olgu nende viie
organismi (O1-O5) nukleotiidiks antud saidis n vastavalt A; G; G; T; T:
Esmalt tuleb alustada tippudest ja leida, milline on tõenäosus, et organismide O1 ja O2
eellasorganismi antud saidis oli näiteks nukleotiid A. Sama tuleb teha ka kõigi teiste
nukleotiidide kohta. Üldine valem (nukleotiidi X kohta) on järgmine:
Siin tähistab Pij(t) transitsiooni, transversiooni või siis tõenäosust, et nukleotiid jääb samaks.
Seejärel võime liikuda puu juure poole ja leida jällegi tõenäosuse, et eellasel oli antud saidis
nukleotiid Y. Selleks tuleb meil summeerida kõik X-i väärtused, mis me iga nukleotiidi puhul
saime.
Samuti tuleb talitleda Z-i leidmisel
annaabi.ee 
