Molekulaarne evolutsioon
(genoomi üldiseid tunnuseid kasutavad meetodid ja DNA
järjestusi kasutavad meetodid).
Meetodid, mis kasutavad genoomi üldisi tunnuseid:
Oligomeeride sagedused – kasutada võib kogu genoomi
järjestust, ainult kodeerivaid järjestusi või valkude AH-lisi
järjestusi. Ainult üks parameeter – oligomeri pikkus K.
Homolooge pole vaja tuvastada, järjestusi pole vaja joondada.
Oligomeeride sageduste põhjal arvutatakse distantsmaatriks.
Puu konstrueerimiseks kasutatakse distantsmeetodeid.
Geenide sisaldus genoomis – puud konstrueeritakse
distantsmeetoditega: liikide evolutsioonilist kaugust
hinnatakse jagatud ortoloogsete geenide osakaalu põhjal. Või
säästumeetodiga: taksonile omistatakse skoor vastavalt
homoloogsete geenide olemasolule.
Geenide järjekord genoomis – korreleerub organismide
evolutsioonilise kaugusega
annaabi.ee 
