"deaminaaside" - 1 õppematerjal

Genoomi struktuur ja funktsioon

Aktiivne demetülatsioon võib toimuda läbi otsese 5mC eemaldamise või edasi modifitseeritud tsütosiini läbi. Otsene eemaldamine on nt aluspaari eemaldamine ja mittemetüleeritud aluse inserteerimine base excision repair mehanismi kaudu (BER). Või eemaldatakse terve DNA lõik mis täidetakse nukleotiididega nukleotide excision repair (NER) poolt. Edasi modifitseeritud tsütosiini puhul tekib oksüdatsiooni käigus hüdroksümetüültsütosiin, mis deaminaaside poolt deamineeritakse, nt AID/Apobec, TET. Deaminatsiooni ja oksüdatsiooni produktid parandatakse TDG glükosülaasi poolt mis on seotud BER mehanismiga. • • DNA hüdroksümetülatsioon: levik genoomides (mida tänaseks teada), roll(id) genoomide) funktsioonis.  • TET – ten-eleven translocation ensüüm oksüdeerib 5-metüültsütosiini 5- hüdroksümetüültsütosiiniks. Hüpoteesi järgi on 5hmC intermediaat 5mC eemaldamisel