"bisultit" - 1 õppematerjal

Genoomi struktuur ja funktsioon

5-hmC on intermediaat 5mC eemaldamisel. TET üleekspressioon vähendab 5hC taset ja TET kaotamine viib 5mC akumuleerumisele. 5hmC geenikehades viitab aktiivsele geeniekspressioonile. TET ensüüme kirjeldati juba 1972 roti, hiire ja konna ajus, seejärel unustati ning avastati uuesti 2009 aastal 5hmC tuvastamisel ESC-des. TET1 on seotud pluripotentsusega, TET3 ekspressioon on kõige kõrgem ootsüütides ja sügootides. • • Kõige enam levinud, bisultit-töötlusel põhinevate DNA metülatsiooni tuvastamise metoodikate oluline puudus • Võimaldab eristada aluspaari tasemel mittemodifitseeritud ja modifitseeritud tsütosiinide vahel, kuid ei erista 5-metüültsütosiini 5-metüülhdroksütsütosiinist. Selle meetodi puhul mittemetüleeritud tsütosiin deamineeritakse U-ks, mis peale PCR reaktsiooni annab T, kuid 5-mC reageerib halvasti bisulfitiga ja annab C. 5- hmC annab 5-metüleensulfonaadi (CMS) •