Võrtsjärve tüpoloogilistest iseärasustest tingitult on omalaadne järve aine- ja energiaringlus. Nagu väidab H. Haberman, kulgeb energiavoog primaarsest produktsioonist kaladeni mitte niipalju zooplanktoni kui zoobentose kaudu. Võrtsjärve ligikaudu 7600 kJ/m 2 suurusest fütoplanktoni 4 primaarproduktsioonist jõuab planktontoiduliste kaladeni 0,4 röövkaladeni 0,4 ja bentostoiduliste kaladeni 7 kJ/m2. Vetikate produktsioonist jääb ilmselt väga oluline osa otseses toiduahelas kasutamata ja jõuab uuesti ringlusesse alles muda, bakterite ja põhjaloomade kaudu. Seda tingib eriti sinivetikate rohkus mis sageli on ökoloogiliseks tupikuks. Võrtsjärve ökosüsteemi stabiilsust ja seisundit parandaks järve veetaseme reguleerimine, mis väldiks suviseid ja talviseid vee madalseise ning sellest tekkivaid äärmuslikke olusid. 2 Reguleeritud
Biomanipulatsioon Biomanipulatsiooni all mõistetakse fütoplanktoni kui toiduahela aluse kasvu ja arengu kontrolli alla võtmist ökoloogiliste meetodite abil eesmärgiga peatada veekogu eutrofeerumist. Biomanipulatsiooni põhiidee on erinevate troofiliste rühmade arvukusvahekorra muutmises; meetodit nimetatakse sageli ka "toiduahela ülalt-alla kontrolliks". Biomanipulatsiooni eesmärk hea vee kvaliteet. Fütoplanktoni vohamise ökoloogiline tõrje võib toimuda mitmeti: 1) plankton- ja bentostoiduliste kalade eemaldamine veekogust, 2) röövkalade või loomse hõljumi lisamine veekogusse, 3) röövkaladele ja zooplanktonile paremate elutingimuste loomine, 4) filtreerivatele jõe- ja järvekarpidele sobiva substraadiga elupaikade laiendamine. Biomanipulatsioon on tõhus meetod veekogude aineringe tasakaalustamiseks, kuid selle rakendamine eeldab põhjalikke teadmisi ökosüsteemi talitlusest ja veekogu kompleksseid uuringuid. Kogemused näitavad, et