Rekombinantsed peptiidid ja kloonimine
lahutatakse RNA agarosgeelil suuruse järgi, kantakse üle
membraani peale, kus RNA fikseerub, toimub
hübridisatsioon huvipakkuva lõigu puhul komplimentaarsuse
printsiibil; mitteseostunud molekulid eemaldatakse.
Detekteeritakse ja analüüsitakse (autoradiogramm). Nõuab
suurt RNA kogust, nõuab vigastamat RNA, madal tundlikkus,
aga ainuke meetod, mis annab info nii suuruse kui ka
koguse kohta (Kasulik: transkripti splaissingu variantide
võrdlemisel eri kudedes).
Rnase protection: Kasutatakse mRNA hulga mõõtmiseks ja selle kaardistamiseks. Ei nõua ainult
annaabi.ee 
