"atgttgatgattaaaggaattatttttgatatggacggtgttttatttgatacagaacctttttatctgaggcg" - 1 õppematerjal

Bioinformaatika ülesanded

DotPlot'i applet http://arbl.cvmbs.colostate.edu/molkit/dnadot/index.html). Leida järgnevate nukleotiidsete järjestuste paaride sarnased piirkonnad erinevatel raami suurustel ja sarnasuse piirväärtustel ­ raam = 1, lim = 0. Leida kõik suuremad sarnased piirkonnad varieerides raami ja piirväärtuse suurust, põhjendada tulemuste seost parameetrite väärtustega. Millise nähtusega võiks tegemist olla? · atgttgatgattaaaggaattatttttgatatggacggtgttttatttgatacagaacctttttatctgaggcg acgagaagatttttttaagacaaagggaattcccattgatcacttgaactctaaagattttattgggggca atctccaagaattatggaaagagttgttaggtaaaaatagggatgatgctatcgttaaggcaattacaac tgactatgacgcttacaaacaagcgcataagcctccttatcaaaaactgttgattacagaagtgaactct tgtcttgaacagttgaaaaaacaaggtatcaaactggctgtggcatcaaactcgaagcgtcaggatgtt ttgttggcgttggagacaacgcaaataaaagattattttgaaataatcctagcgcgtgaagatgtttctag