Seened
evolutsioonis kaduma läinud ja nad eksisteerivad ainult anamorfidena.
Seente evolutsiooni kohta on võrreldes taimede ja loomadega suhteliselt vähe
paleontoloogilisi andmeid. Vanimate tõepäraste leidude vanus ulatub üle 500 miljoni aasta
ja kuuluvad ilmselt saprotroofidele. Rohkem kui 400 miljoni aasta vanuse taime
juuretaolistest kudedest on leitud seene harunenud hüüfe, mis on väga sarnased
rohttaimedel esinevale arbuskulaarsele mükoriisale. Selle ja mõne teise leiu põhjal on
oletatud, et seda tüüpi mükoriisa mängis tähtsat osa maismaataimede tekkes. Selle
hüpoteesi kohaselt hankisid varased maismaataimed seente abil pinnasest vajalikke
mineraalaineid. Molekulaarbioloogia andmete põhjal omavad seened ja loomad ühist
eellast. Seega on seened loomadega opistokondid lähemalt sugulased kui taimedega.
Loomateadlaste arvates võis nende ühine eellane olla paljuski sarnane teatud