Nukleiinhappe paljundamine ühel temperatuuril (erinevalt PCR tsüklilisest temperatuuri muutustest) TMA(transcription mediated aplification) ehk transkriptsioon vahendatud amplifikatsioon on süsteem, mis kasutab kahte erinevat ensüümi. Esimene ensüüm on pöördtranskriptaas, mis teeb teeb 2-ahelalise DNA koopia RNA või DNA matriitsist. Teine ensüüm RNA polümeraas, sünteesib tuhandeid koopiaid komplementaarsest RNA järjestusest (RNA amplikon), kasutades 2-ahelalist DNA-d matriitsina Iga RNA amplikon on uueks märklauaks pöördtranskriptaasile, mistõttu protsess automaatselt kordub uuesti, mille tulemusena algne järjestus amplifitseerub eksponentsiaalselt. TMA toodab 1001000 koopiat tsükli kohta, mis tõttu 15 -30 minutiga toodab protsess 109 koopiat Chlamydia trachomatis test APTIMA CT (16S rRNA) (Gen-Probe)
66 PCR meetodi variandid Multipleks PCR korral osaleb rohkem kui üks praimerite paar. Ühte reaktsiooni võib panna praimerid, mis on spetsiifilised erinevatele mikroorganismidele. Nested PCR on sisuliselt kaks järjestikust PCR reaktsiooni, kus teine PCR tehakse uue praimeripaariga esimese PCR produkti peal. Esimese reaktsiooniga saadakse amplikon sihtmärk- DNA-st. Seda amplikoni kasutatakse sihtmärgina teises reaktsioonis, kusjuures kasutatakse praimereid, mis asetsevad esimesest praimeri paarist seespool. Teise reaktsiooni käigus saadakse lühemaid nukleotiidahelaid. Nested PCR eeliseks on väga suur sensitiivsus ja spetsiifilisus. Samas on reaktsioon väga tundlik saastumisele varasema PCR produktiga, mistõttu tekivad kergesti vale-positiivsed tulemused.