1842. aastal asutatud Eestimaa Kirjanduse Ühingu (EKÜ) muuseumi, mis 1864. aastal nimetati ümber Provintsiaalmuuseumiks, üheks oluliseks tegevussuunaks oli ka looduse uurimine. Eriti tähtsaks muutus see 1872. aastast alates, kui EKÜ presidendiks valiti Aleksander von Pahlen (18201895), kes oma kiindumuse tõttu Eesti Meremuuseum loodusteadustesse aitas kaasa vastavate materjalide laekumisele. A. Von Pahleni, geoloog Aleksader Keyserlingi ning akadeemik Friedrich Schmidti juhtimisel loodi 1876. aastal uus sektsioon kodumaa looduse uurimiseks. Kõne alla tuli eraldi loodusmuuseumi loomise vajadus. See mõte küll ei teostunud, kuid sisuliselt eraldiseisev loodusosakond siiski tekkis. Jõudsalt hakkas kasvama, põhiliselt annetuste kaudu ja eriti pärast väljapanekute avamist, loodusteaduslik materjal. Tähtsamate sel ajal omandatud kogudena võib mainida dr. G. A. von Rauchilt pärandina saadud linnutopiste, F. J
Muuseumi ajalugu Eesti Loodusmuuseumile panid aluse XIX sajandi loodusteadlased. 1842. aastal asutatud Eestimaa Kirjanduse Ühingu (EKÜ) muuseumi, mis 1864. aastal nimetati ümber Provintsiaalmuuseumiks, üheks oluliseks tegevussuunaks oli ka looduse uurimine. Eriti tähtsaks muutus see 1872. aastast alates, kui EKÜ presidendiks valiti Aleksander von Pahlen (1820 1895), kes oma kiindumuse tõttu loodusteadustesse aitas kaasa vastavate materjalide laekumisele. A. von Pahleni, geoloog Aleksader Keyserlingi ning akadeemik Friedrich Schmidti juhtimisel loodi 1876. aastal uus sektsioon kodumaa looduse uurimiseks. Kõne alla tuli eraldi loodusmuuseumi loomise vajadus. See mõte küll ei teostunud, kuid sisuliselt eraldiseisev loodusosakond siiski tekkis. Jõudsalt hakkas kasvama, põhiliselt annetuste kaudu ja eriti pärast väljapanekute avamist, loodusteaduslik materjal. Tähtsamate sel ajal omandatud kogudena võib mainida dr. G. A