Imputeerimine
märkimisväärselt rohkem (või vähem). Assotsiatsioonil võib olla
mitmeid põhjuseid, kõik pole geneetilised: (1) otsene seos: alleel A
muudab selle kandja vastuvõtlikumaks haigusele D, mis ei tähenda,
et alati haigestutakse; (2) looduslik valik: isenditel, kellel on haigus
D, jäävad suurem tõenäosusega ellu ja saavad järglasi kui neil on ka
alleel A; (3) Populatsiooni kihistumine: populatsioon sisaldab
mitmeid alahulki ja juhuslikult on nii D ja A ühes alahulgas; (4) tüüp
1 viga: tavaliselt testitakse suure hulga markerite seost haigusega ja
kui ühelgi pole tegelikult tõest seost, siis 5% tulemustest on olulised.
Assotsiatsioonuuringuid on kergem läbi viia kui aheldusanalüüsi,
kuna ei vajata spetsiaalseid perekondi. Oluline on kontrollrühma
valik.
Assotsiatsiooniuuringul kaks lähenemist. Esimene on common
disease – common variant hüpoteesil põhinev ehk enamus
annaabi.ee 
