• Vertikaalne kahedimensiooniline • Horisontaalne Agaroos on lineaarne polümeer, mis koosneb D- ja L-galaktoosi jääkidest. Agaroosi ahelad moodustavad heeliksikujulised fiibrid, mis omakorda agregeeruvad 20-30 nm struktuurideks. Agaroosi geelistumisel moodustub 3-dimensiooniline kanalite (pooride) võrgustik, millede diameeter ulatub 50-200 nm. Agaroosgeeli on võimalik teha erineva suuruse ja poorsusega sõltuvalt DNA fragmentide suurusest, mida kavatsetakse lahutada. Agaroosforees on tehniliselt lihtsam ja kiiremini läbiviidav, aga agaroosi lahutuvus on väiksem kui polüakrüülamiidil. Seega kui foreesil peab eristama väikeste suuruste vahega fragmente kasutatakse polüakrüülamiidforeesi. Agaroos-geelelektroforees võib olla kas • horisontaalne või • vertikaalne DNA liikumise kiirus väheneb vastavalt fragmentide pikenemisele, sõltudes voolutugevusest. Mida suuremad on geeli poorid, seda suuremaid DNA fragmente saab lahutada. Seega, mida