Eesti rootsiajal
aga kool hääbus ja mõnda aega polnudki Eestis ülikooli. Alles 1690.a avati uuesti kuni 1699,
siis toodi üle Pärnusse kuni 1710.a. Kuna Pärnu samal ajal alistus vene vägedele, siis ülikool
oli evakueeritud Rootsi. Pärnus tegutses kunagise ordulossi juures (palju sellest järgi oli), see
paiknes praeguse rmtkogu juures. Ülikooli siin asumise märgiks on Akadeemia tänav. Lõpus
oli ülikooli nimi Acaemia Gustaviana Carolina. Enamike eestlaste jaoks jäi siiski
elementaarne alghariduski saamata.
Rootsi ajal pandi alus talurahva haridusele, sest luteriusus oli oluline, et inimene saaks
jumalasõna ise lugeda, seega oluline koht inimeste lugemaõpetamisel. Alguses oli see
kirikuõpetajate ülesanne, eeskätt tegid seda köstrid (kirikuõpetaja abilised). Et õpetamine
paremini läheks anti välja aabitsaid, esimene teadaolev aabits 1641 by J. Ihering.
Kooliõpetajaid ei olnud