Järjestuste võrdlemine, otsingud andmebaasidest (BLAST, FASTA, SW).
järjestusele.
VASTUS:
Kõige lähedasem on:
Bacteria
triosephosphate isomerase
[Escherichia coli O157:H7 EDL933]
Score = 520 bits (1338), Expect = 1e-145
Identities = 255/255 (100%)
Kõige kaugem on:
Protozoa, keda üldse ei leitudki.
Viirused
hypothetical protein
[Ostreococcus virus OsV5]
Score = 32.7 bits (73), Expect = 5.8,
Identities = 16/46 (34%)
2. BLAST programmi kasutamine valgumotiivide otsimisel.
a. Valida sobiv programm sarnasuste leidmiseks motiivile
VEHINKTIAPALVSK ning valida otsimiseks andmebaas, mis sisaldab kõik
GenBank CDS translatsioone + PDB + SwissProt + PIR + PRF. Sooritada
otsing standardparameetritega, joondamiste arv 500.
Database: All non-redundant GenBank CDS translations+PDB+SwissProt+PIR+PRF
excluding
environmental samples from WGS projects
Posted date: Mar 25, 2008 5:58 PM
annaabi.ee 
